Una de las contradicciones en la construcción es que, si bien para ahorrar energía es necesario garantizar un buen aislamiento térmico del interior de los edificios, un aislamiento excesivo puede llevar a una mala ventilación y a la evitar la acumulación de gases tóxicos, como el gas radón, que en zonas graníticas puede causar cáncer de pulmón si su concentración en las casas es alta. Por ello, la necesidad de ventilar regularmente la vivienda prevalece sobre las consideraciones relativas al ahorro energético. Sin embargo, ventilar la vivienda, por mucho que se haga de modo regular, no es suficiente. La bioconstrucción siempre debe garantizar la respiración del edificio por todas sus paredes y techos, evitando materiales de poros cerrados: la vivienda debe ser como una segunda piel. Esta respiración también facilita los intercambios de humedad entre la vivienda y la atmósfera, lo que, a su vez, evita la aparición de manchas de humedad.
La transpiración de las bioconstrucciones no depende solamente del material de la construcción, sino también de las pinturas con que se cubra: son preferibles las pinturas naturales a base de resinas, aceites naturales o minerales.
