La naturaleza está organizada en ciclos de materia y energía que se superponen y se suceden de generación en generación. El átomo de hierro que está hoy en la clorofila de una gramínea puede incorporarse mañana a la hemoglobina de una vaca. Por ello, en su permanente imitación e integración con la naturaleza, el bioconstructor debe tener en cuenta todo el ciclo de vida de los materiales que emplea.
Además, toda bioconstrucción debe conllevar una estrategia para reintegrar al medio ambiente, de forma benigna, la mayor parte posibile de los residuos producidos por sus habitantes. En bioconstrucción, la consigna de las tres erres (reducir, reutilizar y reciclar) se aplica a corto y a largo plazo.
Los materiales que entren a formar parte de un edificio bioconstruido deben ser de materia prima lo menos elaborada posible y encontrarse lo más cerca posible de la obra: deben utilizarse los recursos de la zona. Asimismo, deben hallarse totalmente exentos de elementos nocivos como el asbesto y el cloro presente de forma aparentemente inocua en plásticos como el PVC, un material generalizado en los conductos de saneamiento, las conducciones eléctricas y la carpintería de puertas y ventanas.
Deben evitarse los aislamientos y pinturas de poro cerrado, plastificados, elementos retenedores de polvo electrostático (moquetas, suelos plásticos...) y todos aquellos materiales que emiten gases tóxicos en su combustión, así como los metales pesados. En cuanto a los elementos estructurales, deben emplearse cementos naturales o cal hidráulica. El acero sólo se usará cuando sea imprescindible, convenientemente derivado a tierra. Muy a menudo las vigas y pilares de hormigón armado pueden ser sustituidos por arcos y bóvedas.
A corto plazo, las construcciones bioclimáticas deberían facilitar la separación en origen de los residuos (por ejemplo, mediante la incorporación de cubos de reciclaje); sus habitantes deberían participar en programas de reciclados para los envases y compostar los residuos orgánicos. Este compost, junto con el procedente de los retretes de compostaje o los barros de los humedales de depuración, puede abonar las plantas de la vivienda.
Sistema de cubos de reciclaje en una cocina. 
